Эта проблема встречается часто в графически ориентированых программах, к примеру в Blender - клавиша <Alt> используется для совместно с ЛКМ для некоторых очень интересных свойств. Все хорошо это работает, но не в Unity - ибо там зажатый <Alt>+<ЛКМ> - вызывает контесное меню, не давая возможности использовать дополнительные функции в Blender.
В принципе в Blender можно переназначить любые клавиши на любые функции, но это создает какой то дискомфорт в работе - и поэтому лучшим решением для Ubuntu будет переназначение клавиши <Alt> на на другую клавишу - к примеру на <Super>
Делается это так
gconftool --set --type string /apps/metacity/general/mouse_button_modifier "<Super>"
